目前，共有１３个药物取得新药证书，１０１个新药已进入临床试验阶段，同时还有上百个创新性强、前景较好的品种课题处于临床前实验阶段。２００４年度批准上市的重要品种如下：
抗糖尿病新药“太罗ＴＭ”：通过药物设计和实验研究相结合而研制出的国内拥有自主知识产权抗糖尿病新药――“太罗ＴＭ”于２００４年１１月７日在重庆正式上市，“太罗ＴＭ”由军事医学科学院研制，北京药物分子设计中心孵化，太极实业集团独家转化，药品已先后获得国家发明专利授权、ＳＦＤＡ新药证书及生产批文。太极集团力争在５年内使之成为国内知名度和销售量第一的糖尿病药品。
重组人Ｐ５３腺病毒注射液：“重组人Ｐ５３腺病毒注射液”是全球第一个正式上市的基因治疗药物。２００３年１０月１６日获得国家食品药品监督管理局颁发的Ⅰ类新药证书，２００４年１月２０日获得试生产批文。该新药标志着我国在基因治疗药物上已率先实现产业化，又一次证明我国有能力在日益激烈的医药产业国际竞争中抢占先机。产品投放市场以来供不应求，已产生良好的经济、社会效益。
唐草片：服用该药后能明显改善临床症状，提高免疫力，并对艾滋病病毒复制有抑制作用，同时并无明显毒副作用。国家食品药品监督管理局于２００４年４月正式批准唐草片为国家三类新药，并颁发新药证书。
丁苯酞：专项课题“丁苯酚原料及系列制剂”为从芹菜中提取的有效成分，是具有我国自主知识产权的治疗急性缺血性脑卒中的创新性药物。该药是由中国医学科学院药物研究所和石家庄制药集团共同研制，已获准正式上市。该药使我国在脑血管疾病治疗药物研究领域达到国际先进水平，具有重大的经济和社会效益。
注射用重组葡激酶：全球第一个“注射用重组葡激酶”生物新药，２００３年７月８日获得ＳＦＤＡ颁发的Ⅰ类新药证书，拥有工程菌的构建、生产方法和抗体的制备与检定方法等３项专利。作为新型重组蛋白溶血栓剂，重组葡激酶在疗效、安全性、特异性和作用时间等方面均比目前临床应用的ＳＫ、ＵＫ和ｔ－ＰＡ等药物优越，而且生产成本低。“注射用重组葡激酶”的上市将为人类对抗心血管疾病这一致死人数最多的全球第一大疾病提供有力工具。
结泰宁：微生态制剂“结泰宁”于２００３年１２月１２日获得ＳＦＤＡ颁发的新药证书。微生态药物是一类天然、温和、安全无毒副作用的新一代药物，可以有效减少抗生素滥用，具有巨大的市场潜力。经科技攻关，我国目前已经克服了传统微生态药物需要２－８℃低温保存、质量不稳定的主要缺点，研制出质量国际领先、能室温保存２年的高稳定性的微生态药品，并建设了全国最大规模的系列微生态药品产业化基地，年产“系列微生态生物新药”９亿粒（袋、片）。
重组人新型肿瘤坏死因子：抗肿瘤新药“重组人新型肿瘤坏死因子”于２００４年３月１７日获得国家新药证书。该新药通过蛋白质工程技术对天然肿瘤坏死因子分子进行改造，获得了具有自主知识产权的高效、低毒的受体选择性突变体。合作企业正在进行生产车间的ＧＭＰ论证，预计年底投入生产。
ＧＭ－ＣＳＦ口服药物：用家蚕作为生物反应器高效表达ＧＭ－ＣＳＦ口服药物，已经于２００３年７月８号被ＦＤＡ批准进行临床试验，获国家专利局颁发的专利授权。家蚕是最具我国传统特色的经济生物。用家蚕作为生物反应器高效表达生物药物，并研制蛋白质药物口服剂型，是我国科学家的首创，为生物工程制药开拓了一条新的思路。